多種酶的配合，并合理調配各自的用量，使各種酶種之間的協同作用更為顯著，水解能力更強，所得的酶解產物無苦味、澀味，適口性強。利用蛋白復合酶和木瓜蛋白酶水解雞肝+雞肉制備貓犬糧誘食劑，其中肉類原料經蛋白酶水解后結合熱反應，散發出特殊香味，對貓犬誘食效果好可以改善貓犬糧風味，引誘貓犬采食，提高采食量。

  常見的蛋白酶有木瓜蛋白酶、中性蛋白酶、堿性蛋白酶等。單體酶如木瓜蛋白酶水解速度快，但產物風味單一；復合酶可彌補此不足，如動物蛋白水解酶由蛋白內切酶、外切酶和風味等組成，能使水解物渣均勻細膩，風味濃郁。復合酶有多種酶按一定比例復配而成，能更全面地作用于雞肝蛋白，提高酶解效率和產物風味，減少因單一酶解效果不佳導致的成本增加。

  利用木瓜蛋白酶水解雞肝結合美拉德反應制備犬糧誘食劑，可以提高肝臟類禽副產物利用率，可以改善犬糧風味，引誘犬采食，提高采食量。相較傳統寵物糧蛋白類原料，酶處理后的蛋白原料消化吸收率更高，營養利用更充分，更適合用作寵物食品配料中。

植物奶的大分子蛋白質（如燕麥中的β-葡聚糖、杏仁中的扁桃蛋白）易形成顆粒感，導致“黏喉嚨”“像喝豆漿”等差評。蛋白酶通過定向切割技術，將蛋白質鏈分解為10-20kDa的小分子肽，使顆粒粒徑從50μm降至10μm以下。例如，木瓜蛋白酶水解大豆蛋白時，可釋放谷氨酸等鮮味氨基酸，使豆奶口感接近牛奶，同時消除豆腥味。  

利用2-3種酶制劑復合后進行水解的雜魚魚溶漿經濃縮至水分含量55%后，用粘度計檢測的粘度相比單獨用堿性蛋白酶或木瓜蛋白酶水解的粘度降低至少15-20%，同時水解度提高25%以上，這說明復配酶解技術對于降低魚溶漿粘度具有特殊的技術效果，是提升魚溶漿流動性的技術關鍵。

金槍魚含有的獨特風味特別符合寵物貓的味蕾需求，用金槍魚為原料酶解生產的寵物誘食劑具有良好的風味性，很適用于寵物貓糧中，添加后可以明顯提高寵物貓糧誘食劑風味性、誘食性和適口性。在酶解金槍魚制備寵物貓糧誘食劑過程中，酶解工藝的控制對于提高寵物貓糧誘食劑風味性至關重要。酶解首要因素需要選擇合適的酶制劑來進行酶解，而酶解可用的酶制劑有木瓜蛋白酶、堿性蛋白酶、中性蛋白酶等。通過水解度判斷選用木瓜蛋白酶的水解度是在多種單體酶中效果比較好的。雖然木瓜蛋白酶水解后有輕微苦味，但可以用風味酶協同作用，風味酶屬于外切酶，可以修飾肽鍵被切碎的殘基，避免苦味肽的產生。木瓜蛋白酶和風味酶同時使用，調整合適的PH值、溫度，通過對水解度的控制，能夠最大程度將金槍魚蛋白質轉化成肽和氨基酸，且酶解物無苦味，可廣泛運用于寵物貓糧誘食劑生產中。

木瓜蛋白酶可以在餅干生產過程中起到松化劑的作用。木瓜蛋白酶的作用溫度在15℃~85℃，適宜pH在7~8，所以木瓜蛋白酶適用于大多數餅干的生產加工。相比于其他蛋白酶，木瓜蛋白酶具有很高的適應能力，運輸方便，且木瓜蛋白酶在常溫下也可以儲存。木瓜蛋白酶通過水解蛋白質的肽鍵使肽鏈多出斷裂，從而使蛋白質結構變得松弛，降低面筋的筋度。木瓜蛋白酶能將面團中的蛋白質水解成小肽和氨基酸，使氨基酸外露，運用于餅干生產加工中，可以使餅干表面色澤金黃鮮艷。除此之外，木瓜蛋白酶水解蛋白質的肽鍵后，其蛋白質中的二硫鍵仍然存在，所以在每段的二硫鍵的牽拉下斷裂的肽段重新排列，所以這樣生產出的餅干層次分明、孔洞適中、口感松脆。

傳統工藝在制備牛肉香膏時，如果用一些傳統的酶來進行酶解，會使水解液有一定的苦味。但是如果采用酶解技術，利用木瓜蛋白酶、風味酶對底物進行酶解，并控制酶解時間，則可以在一定程度上弱化水解液的苦味，從而生產出弱苦牛肉膏。酶解牛肉膏是利用木瓜蛋白酶將蛋白質水解為蛋白質水解液，在經過后續的美拉德反應現代生物學技術精制而成。經過木瓜蛋白酶水解后的產物進行美拉德反應，能夠有效去除苦味，這是因為大多數氨基酸都具有苦味，而參與美拉德反應則會使得食物發生色澤和香味的變化，將這些產物涂于飼料上，可以增加飼料整體的香味，促進寵物進食。

提高豆漿中營養素的生物吸收率，使其真正成為“植物牛奶”是亟需解決的難題。為提高豆漿的轉化吸收率，所以近幾年通長利用酶解技術生產豆漿，首先選用胃蛋白酶和胰蛋白酶等一些動物蛋白酶對豆漿酶解，但是由于制取工藝復雜，成本高，生產過程中對pH值和生產溫度要求較高，不易推廣。放線菌166、枯草桿菌1398等微生物酶，在催化蛋白質分解的同時，還催化豆漿中的不飽和脂肪酸氧化成醇、醛、酮等揮發性成分，產生較重的豆腥味和苦味，影響豆漿的風味和口感，均不宜推廣。而木瓜蛋白酶來源于鮮番木瓜，在我國有大面積的種植，原料充足，成本低、純天然、無毒副作用，生產酶解豆漿時對pH值、溫度、時間要求比較低，因此，選用木瓜蛋白酶作為酶催化劑，酶解豆漿生產豆奶。木瓜蛋白酶水解豆漿，能將豆漿中的蛋白質分解小分子多肽和氨基酸，豆漿酶解生產那的豆奶克服了普通豆漿口感差、消化吸收率低的缺點，其營養成分及生物吸收率接近牛奶，可當之無愧地稱為“綠色牛奶”。

隨著人類生活水平的不斷提高，中國寵物飼養的數量持續增加，寵物食品的需求越來越多樣化，傳統的雞肝粉誘食劑已無法滿足市場需要，目前都在朝水解雞肝粉方向靠齊。水解雞肝粉是以優質雞肝為原料，采用先進的生物酶解工藝加工制作而成。酶法水解雞肝粉作為寵物誘食劑添加到寵物食品中具有改善適口性、增加營養的作用。目前市場上水解雞肝粉生產寵物誘食劑常見的酶制劑為堿性蛋白酶和木瓜蛋白酶等單體酶。木瓜蛋白酶水解雞肝粉，水解苦味重，顏色淺，口感略差，相比堿性蛋白酶而言，堿性蛋白酶更適合水解雞肝粉生產寵物誘食劑。