木瓜蛋白酶本身就是蛋白質，高溫烹飪牛肉后，木瓜蛋白酶變性為普通蛋白質，直接烹飪完全符合食品安全標準，無需擔心對健康造成影響。市售的食用級木瓜蛋白酶產品，其用量經過科學配比，在正常腌制時間（通常15-30分鐘）內，酶的活性會隨著腌制過程逐漸發揮，最終會自然失活，不會有多余的活性酶殘留。

利用木瓜蛋白酶輕度水解牛肉，不破壞牛肉營養成分，保持了牛肉的本味。一斤牛肉建議加0.3-1克的木瓜蛋白酶，腌制15-30分鐘。，